La Secretaría es el órgano ejecutivo, que tiene la responsabilidad de apoyar a las organizaciones integrantes del Foro Internacional (representantes de los distintos movimientos nacionales) en el cumplimiento de los objetivos que se éstas se establezcan.
La sede de la Secretaría se encuentra en la ciudad de Buenos Aires, Argentina, ciudad donde se celebró el primer encuentro internacional, dando origen al Movimiento en el año 2007. Sus funciones son las siguientes:

• Articular acciones regionales y globales de los movimientos nacionales.
• Acompañar a las organizaciones juveniles en el desarrollo del Movimiento Nacional en los países donde no se hubiera conformado.
• Promover el establecimiento de alianzas estratégicas con otras organizaciones.
• Desarrollar nuevas herramientas y conocimientos que sirvan para fortalecer el movimiento tanto a nivel nacional como internacional.
• Implementar estrategias de difusión de las acciones que realicen los movimientos nacionales.

El staff de la Secretaría se encuentra integrado por el siguiente equipo:

Apoyo Movimiento en África, Asia y Europa:
Gonzalo del Castillo (Club de Roma): gdelcastillo@waterandyouth.org

Apoyo Movimiento en América del Norte, Sur, Central y Caribe:
Franco Sotello (Ecoclubes): fsotello@waterandyouth.org

Secretario Ejecutivo:
Ing. Ricardo Bertolino (Ecoclubes): rbertolino@waterandyouth.org